Dans cette décision du 3 juillet 2020, le Conseil d’Etat précise la portée des articles L.411-1 et L.411-2 du code de l’environnement.  Ces articles résultent de la transposition de la directive Habitats du 21 mai 1992 où la protection des espèces protégées constituait un apport majeur. Ainsi, l’article L.411-1 pose une série d’interdictions ( interdiction de la destruction, de l’enlèvement, de la capture , de la coupe, de l’arrachage, de la cueillette…) tandis que l’article L.411-2 prévoit des exceptions à ces différentes interdictions.  

Le Conseil d’Etat devait connaître de la réalisation d’un éco-quartier dans la Commune de Besançon et plus particulièrement de la légalité de l’arrêté préfectoral de dérogation sur le fondement de L.411-2 , qui avait été suspendu en référé. 

Le Conseil d’Etat estime à cette occasion qu’un projet de travaux, d’aménagement ou de construction d’une personne publique ou privée susceptible d’affecter la conservation d’espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s’il répond, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, tels que notamment le projet urbain dans lequel il s’inscrit, à une raison impérative d’intérêt public majeur. En présence d’un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées en tenant compte des mesures de réduction et de compensation prévues, que si, d’une part, il n’existe pas d’autre solution satisfaisante et, d’autre part, cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.

En conséquence, la réalisation d’un  » éco-quartier  » dans un secteur  peu urbanisé et en déprise situé à proximité du centre-ville de Besançon et faisant l’objet d’une politique de rénovation ayant notamment conduit à l’installation de deux arrêts du tramway en 2014, est un projet conduit depuis de nombreuses années par la commune de Besançon et qui a été reconnu d’utilité publique.Ce projet vise à répondre aux besoins en logement existant à Besançon tout en limitant l’étalement urbain par la construction de plus de mille logements favorisant la mixité sociale ainsi que d’infrastructures et d’équipements publics correspondants. Dans ces conditions, en estimant que les besoins en logement dans la commune de Besançon, à court et moyen terme, n’étaient pas tels qu’ils permettaient de considérer que ce projet répondait à une raison impérative d’intérêt public majeur, alors  que les projections démographiques associées à la politique de revitalisation du centre de l’agglomération faisaient apparaître un besoin de 10.000 logements d’ici 2030, besoin que les opérations de construction actuellement en cours ne couvrent que très partiellement et que le taux de vacance global des logements existants est dans la moyenne des villes comparables, le juge des référés a dénaturé les faits sur lesquels il a fait reposer son appréciation. (CE, 3 juillet 2020, n° 430585)